La ficocianina è un caratteristico colore azzurro, che assorbe la luce arancione e rossa, in particolare vicino a 620 nm (a seconda del tipo specifico è), ed emette fluorescenza a circa 650 nm (anche a seconda di quale tipo è). L'allophycocyanin assorbe ed emette a lunghezze d'onda maggiori rispetto alla ficocianina C o alla ficocianina R.