Sia Consensus che Pan PCR seguono la stessa procedura di routine. Tuttavia, la differenza fondamentale tra consensus PCR e Pan PCR si basa sugli obiettivi dei primer utilizzati da ciascuna procedura. Mentre la PCR di consenso si rivolge sempre alle regioni conservate, una PCR Pan prende di mira le regioni variabili per identificare i diversi ceppi di un gruppo.